Cho đến nhiều năm sau khi ra mắt, bộ phim vẫn được coi là phim tài liệu hấp dẫn nhất của lịch sử phim tài liệu chính luận trong nước;[19] thậm chí đã có những đề nghị cho chiếu lại tác phẩm trong khoảng thời gian leo thang tranh chấp vùng biển giữa Trung Quốc và Việt Nam.[20] Tuy nhiên sau khi chiến tranh kết thúc, các bản phim của Phản bội sớm đã "biến mất", hoàn toàn không thể tìm thấy tại bất cứ đâu. Chính bản thân tác giả cuốn phim là Trần Văn Thủy cũng cho biết không thể xem lại tác phẩm.[10] Chính quyền Việt Nam bị cáo buộc đã "giấu nhẹm [phim]" đi vì lý do chính trị.[21][22]

Vào năm 2021, đạo diễn Trần Văn Thủy đã nộp hồ sơ xét tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh đợt VI về Văn học Nghệ thuật với 6 tác phẩm, trong đó có Phản bội.[23] Tuy nhiên, ông đã không thông qua sự chấp thuận của hội đồng xét duyệt vì không tích đủ 80% số phiếu tán thành từ các thành viên.[lower-alpha 2][25][26] Kết quả sau khi công bố đã gây nên vô số trong cãi từ người trong nghề cho đến dư luận.[27][28] Đạo diễn Trần Văn Thủy sau đó đã tiết lộ một bức thư từ nhà quay phim Nguyễn Lương Đức gửi đến Bộ Văn hóa Việt Nam, cáo buộc phim Phản bội đã lấy y nguyên bản gốc của phim Liên Xô và chỉ lồng tiếng thuyết minh vào. Đây được cho là lý do chính khiến ông bị thất cử, cộng với đó là thực tế tác phẩm vốn nói về chiến tranh biên giới nên có thể sẽ bị phía Trung Quốc phản đối nếu nhà nước trao giải cho ông nhờ tác phẩm này.[21]